Проблема оценки научного труда дебатируется в России уже многие годы. А в ходе подготовки реформы Российской академии наук и особенно после ее начала она обострилась. Реформаторы, возглавляемые Дмитрием Ливановым, еще даже до назначения его министром образования и науки пытались доказать, опираясь на наукометрические методы, что РАН и вообще фундаментальные науки в России в глубоком кризисе, и главная причина этого — архаичная организация. Академическое сообщество, признавая, что проблемы с фундаментальной наукой в России есть, тем не менее отвергало и упреки в свой адрес, и сами методы наукометрической оценки своей работы как не отражающие реальный уровень работы ученых. Академия проводила свои, корпоративные оценки работы институтов и неизменно доказывала, что уровень каждого из них соответствует первой категории. И это вызывало подозрения в необъективности.
В апреле 2017 года Федеральное агентство научных организаций (ФАНО) приняло решение провести внеочередную оценку результативности подведомственных ему научных организаций за период с 2013 по 2015 год. И чтобы отвести от себя подозрения в предвзятости, в которой ФАНО постоянно упрекали многие сотрудники академии, во главе комиссии, проводящей проверку, «были поставлены люди, которым трудно что-либо указать: академики Валерий Рубаков и Роберт Нигматулин», — сказал вице-президент РАН Алексей Хохлов. А сама оценка строилась на независимой экспертизе (именно этого много лет и требовали в академии), дополненной наукометрическими данными, которые играют в этом случае вспомогательную роль.
Проверка закончена, и ФАНО совместно с РАН представило ее результаты. Оценку прошли 454 организации. В первую категорию попали 142, во вторую — 205, в третью — 107.