Съезд начался отчетом президиума о проделанной работе, с которым выступил и. о. главного ученого секретаря президиума РАН академик РАН Дмитрий Бисикало. Особой дискуссии доклад не вызвал, так же как и предложенное постановление.
А вот следующий пункт повестки — выборы президента РАН — начался с сенсации, с неожиданного самоотвода, который взял действующий президент академии и кандидат Александр Сергеев. Объясняя свое неожиданное решение, он сказал, что «данная предвыборная кампания проходит в беспрецедентных условиях. Многие члены Российской академии наук подвергаются психологическому и даже внешнему административному давлению, особенно после публичного заявления своей позиции. Такого еще никогда не было, по крайней мере в новейшей истории РАН. В этих сложных условиях я благодарю поддерживающих меня членов Российской академии наук. Я уверен, что их большинство в этом зале, однако события последних дней заставляют меня снять свою кандидатуру с выборов президента РАН. Это вынужденное решение». Правда, Сергеев не объяснил, кто именно оказывал давление на членов Академии. Удивительным образом заявление Сергеева не вызвало особой реакции участников собрания, хотя во время последовавших дебатов некоторые из выступавших выражали возмущение сложившейся ситуацией. Единственной более или менее серьезной реакцией на самоотвод Сергеева стало заявление клуба «1 июля», назвавшего сложившуюся ситуацию фарсом, но члены клуба на самом собрании не выступали.