Суперкомпьютеры борются с вирусом

Стремительное распространение коронавирусной инфекции COVID-19 в очередной раз показало, что четких схем и эффективных способов борьбы с новыми вирусными заболеваниями не существует. Мировое биомедицинское сообщество пытается найти эффективные решения, способные остановить пандемию. Человечеству необходимо научиться создавать медицинские препараты в короткие сроки, и значительно ускорить этот процесс помогают суперкомпьютерные вычисления.

Сотрудники лаборатории вычислительных систем и прикладных технологий программирования Научно-исследовательского вычислительного центра (НИВЦ) МГУ запустили масштабные расчеты на суперкомпьютере «Ломоносов». Это второй по мощности вычислительный комплекс России и Восточной Европы с пиковой производительностью 1,7 петафлопс, построенный компанией — национальным чемпионом «Т-Платформы» (глава компании Всеволод Опанасенко находится под домашним арестом). Исследования помогут найти лекарство прямого действия от коронавируса. Результаты работы проверят экспериментально в лаборатории противовирусных и дезинфекционных средств Института вирусологии имени Д. И. Ивановского.

Сверхмощные вычислительные системы необходимы, чтобы найти основу для создания противовирусных препаратов, которые воздействуют молекулами потенциального лекарства на активные центры белков-мишеней нового коронавируса SARS-CoV-2. Суперкомпьютеры помогают значительно ускорить подбор молекул для будущих лекарств благодаря уникальным наукоемким технологиям молекулярного моделирования и докинга. Это метод моделирования молекул, предсказывающий наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и конформацию одной молекулы в центре связывания другой и дающий оценку энергии связывания этих молекул друг с другом.